Los diclonius (humanos con dos pequeños cuernos) son unos mutantes creados por el hombre con un don que se le podría denominar como un sexto sentido. Estos seres tienen el poder necesario como para eliminar toda la humanidad. La humanidad está preocupada, y comienza a estudiarlos para buscar un remedio. Lucy, uno de los diclonius, se escapa de su cámara de contención, matando a todo aquél que se interpone en su camino, hasta caer al mar… Al día siguiente acaba en una playa, donde Kouta y Yuka la encuentran y la alojan en su finca con el nombre de Nyu…